Con el objetivo de compatibilizar la ejecución de la infraestructura con la conservación de esta especie, el proyecto ha implantado un protocolo integral de protección ambiental, validado y supervisado por el cliente, ADIF. Este protocolo se ha basado en la identificación previa del área de distribución potencial de la tortuga mora, lo que ha permitido localizar diez zonas con presencia probable a lo largo de ocho kilómetros de traza y en más de 170.000 m² de áreas de préstamo.

Entre las medidas adoptadas destaca la instalación de vallados temporales de no retorno, con mantenimiento periódico, para evitar la entrada de ejemplares en la zona de obras. Asimismo, y bajo los permisos correspondientes para la manipulación de especies protegidas, se ha llevado a cabo el rescate, marcaje, censo y traslocación de ejemplares a zonas de suelta cercanas y ambientalmente adecuadas. Adicionalmente, se han desarrollado acciones de formación y sensibilización dirigidas al personal de obra, así como una parada biológica que restringe determinadas actividades durante los periodos de mayor actividad de la especie. Las inspecciones periódicas han garantizado el correcto cumplimiento de todas las medidas.

Gracias a este enfoque, se han rescatado y traslocado 313 ejemplares, reforzando la protección de la biodiversidad local y la concienciación ambiental del equipo de obra.